La production de biogaz est encadrée par une réglementation stricte et nécessite des précautions. Les niveaux de danger et de risques potentiels d’incendie et d’explosion liés au biogaz sont du même ordre, voire moins élevés, que ceux liés au stockage du gaz naturel et du pétrole. Une unité de méthanisation n’est donc pas plus dangereuse qu’une station essence.

En tant que mélange potentiellement explosif, le biogaz nécessite des précautions mais peu d’accidents relatifs à son stockage sont survenus en France. De 1992 à 2017, 18 cas d’incendie et 15 cas d’explosion ont été recensés en France par le ministère en charge de l’environnement, avec peu de conséquences pour les populations riveraines et pour l’environnement. Les risques concernent surtout le personnel qui travaille sur les sites de méthanisation.

Les sites sont dotés de détecteurs de gaz, d’extincteurs et d’une voie d’accès pour les pompiers. Ils sont également équipés d’un dispositif de destruction du biogaz (d’une torchère par exemple).

Les risques de rejet d’ammoniac dans l’air ou de pollution des eaux liés au digestat sont maîtrisés grâce à des règles strictes : 

• les fosses de stockage de digestat sont couvertes et ventilées si nécessaire ;
• la qualité agronomique et sanitaire du digestat est contrôlée avant l'épandage ;
• l’épandage respecte les distances d’isolement par rapport aux cours d’eau et aux habitations ;
• l’épandage respecte des délais minimum avant le retour du bétail sur les parcelles épandues (prairies) ;
• l’épandage est réalisé avec des techniques qui limitent les émissions d'ammoniac.