Lors de la méthanisation, la décomposition des déchets est réalisée en absence d’oxygène, sans contact avec l’air ambiant et donc sans odeur. Au terme du process, les acides gras volatils responsables des odeurs sont détruits : le digestat produit est pratiquement inodore, même une fois épandu dans les champs. D'ailleurs, de nombreux agriculteurs recourent à la méthanisation pour réduire les odeurs d'épandage agricole des fumiers et des lisiers.

En revanche, des odeurs peuvent provenir des déchets avant méthanisation et être émises lors de leur transport, stockage, déchargement ou chargement. Des mesures peuvent être prises pour réduire ces nuisances au maximum :   

• Réaliser le transport dans des camions étanches
• Réduire au maximum les allers et retours des camions 
• Effectuer les chargements et déchargements dans un hangar fermé et étanche
• Laver ou rincer fréquemment les camions 
• Soumettre les bâtiments de stockage à une ventilation forcée et traiter l'air vicié dans une unité de désodorisation

Pour lui permettre de réagir rapidement si des mauvaises odeurs gênent les riverains, l’exploitant peut aussi mettre en place une surveillance sur le site et dans le voisinage, en associant les riverains au sein d’un « jury de nez ».

ET LES MOUCHES ?

Les matières organiques étant stockées dans un local fermé et étanche, les mouches ne sont pas attirées et ne prolifèrent pas autour du méthaniseur.

Source : https://www.ademe.fr/sites/default/files/assets/documents/guide-pratique-methanisation-en-10-questions.pdf