En théorie, un méthaniseur peut digérer toutes les matières tant qu’elles sont organiques. En pratique, il faut bien réfléchir aux différents intrants et à leur quantité pour créer un équilibre qui va optimiser la digestion et donc la production de biogaz. Chaque méthaniseur a son propre plan d’action défini selon plusieurs critères que nous décrirons plus bas dans cet article.

Les différents types d’intrants qui existent sont :

• Les déchets d’élevage et notamment les effluents (lisiers et fumiers)
• Les déchets agricoles qui peuvent être des résidus de culture/récolte (céréales, fruits, légumes…) ou des CIVE (Cultures Intermédiaires à Vocation Energétique destinées à produire du biogaz)
• Les déchets alimentaires qui sont les restes de nourriture provenant des ménages, collectivités, cantines, restaurants…
• Les déchets industriels qui sont tous ceux qui proviennent d'industries agroalimentaires : résidus de transformation (de produits laitiers, de farine, de brasseries…) ou encore produits déclassés (car non conformes à l’alimentation humaine suite à une contamination par exemple)
• Les déchets verts comme des tontes de gazon ou des feuilles par exemple. Les plantes entières ne constituent pas un intrant privilégié puisqu’elles contiennent de la lignine qui n’est pas digérée par les bactéries, il faudrait au préalable les broyer en poussière.
• Les boues d’épuration qui contiennent des résidus organiques

Le Code de l'Environnement prévoit une classification et codification de tous les déchets pouvant exister, dont les biodéchets. On peut se référer à cette liste pour vérifier l'admissibilité d'un déchet en méthanisation et justifier de sa catégorie.

Devant ces nombreux choix de matières, le responsable des intrants d’une unité de méthanisation va définir sa sélection en fonction de 4 critères principaux :

• Pouvoir méthanogène et coût : le pouvoir méthanogène est la capacité d’une matière à produire du biogaz. Plus le pouvoir méthanogène est haut, plus la matière va remplir son objectif facilement et donc plus elle aura de valeur aux yeux d’un méthaniseur. Son coût peut ainsi être un critère de choix important.
• Equilibre nutritionnel : pour créer l’équilibre adéquat pour une bonne digestion, il faut en général créer une diversité dans la composition et texture des matières. Certaines structures vont avoir besoin de faire entrer des matières sèches pour compenser un trop plein de volumes liquides. On peut aussi remarquer le manque d’un nutriment spécifique et donc se diriger vers une catégorie de matière riche en ce nutriment.
• Disponibilité des intrants: la plupart des méthaniseurs sont créés par des agriculteurs. Ces derniers ont donc généralement des matières facilement disponibles qui leur appartiennent déjà. Par exemple, nos partenaires éleveurs vont pouvoir valoriser les fumiers/lisiers de leurs bêtes, et nos clients céréaliers peuvent sécuriser leurs intrants grâce aux CIVE.
  Hormis ces matières d’origine interne, le choix des intrants est parfois limité par leur disponibilité (pénurie ou saison par exemple).
• Capacité de la structure et réglementation associée : chaque unité de méthanisation doit respecter un volume maximal (qu’on appelle tonnage), pré-défini selon le régime pour lequel elle a obtenu des autorisations. Elle doit aussi sélectionner des intrants qui sont compatibles avec ses capacités de stockage et ses équipements (par exemple : nécessité d’avoir une cuve pour du liquide / obligation de passer certaines matières dans un hygiéniseur avant méthanisation). Enfin, elle doit rester fidèle au maximum avec les prévisions de répartitions annoncées dans un dossier préalable à l’autorisation de lancement de l’exploitation (ICPE).